Царь Феодор III был сыном Царя Алексея I Тишайшего и Царицы Марии Ильиничны (урожд. Милославской). Вступил на престол после смерти отца 29 января/11 февраля 1676. Венчался на царство в Успенском соборе Московского Кремля 18 июня/1 июля 1676 года. Несмотря на слабое здоровье, он сумел прекрасно подготовиться к Царскому служению и получил блестящее образование под руководством Симеона Полоцкого. Царь знал латинский и польский языки, сам писал музыку к церковным песнопениям и явился одним из основателей Славяно-Греко-Латинской Академии.

В начале царствования Государь некоторое время находился под влиянием приближенных, но вскоре стал проводить самостоятельную политику. В 1678 году по Указу Царя осуществили всеобщую перепись населения. Затем Феодор III преобразовал систему судопроизводства, и, уничтожив звание губных старост и целовальников, передал уголовные дела в ведение воевод (1679). Межевание вотчинных и помещичьих земель (1680) стало еще одним важным шагом в области внутренней политики. 1682 год ознаменовался отменой местничества - пагубной системы замещения должностей не по способностям, а по происхождению, расстраивающей государственные дела в угоду сословным предрассудкам. Эта реформа стала результатом ходатайства Собора служилых людей, созванного Государем в его заботе о нуждах армии для «устроения и управления ратного дела». Разрядные книги, служившие основанием для претензий на занятие должностей по происхождению, были торжественно сожжены. Собор высказался так же за введение европейского строя в войске.

Подобно своему отцу, Царь Феодор III отличался глубочайшим благочестием. В его царствование учредили ряд новых епархий. Осуществлялись меры по изживанию раскола, шла борьба с внутрицерковными «бесчиниями и нестроениями».

Основной внешнеполитической задачей царствования стало противостояние Турции и Крымскому Ханству, пытавшимся отторгнуть территории в союзе с предателями на Украине. В конце концов, Царю удалось заключить 20-летнее перемирие, выгодное в тех условиях для России, по которому под властью Москвы оставалась левобережная Украина, а правобережная признавалась нейтральной (1681).

Царь Феодор III был женат дважды. Первая его супруга Царица Агафья Симеоновна (урожденная Грушецкая) скончалась 14 (27 по н.ст.) июля 1681 года вместе с только что родившимся Наследником Царевичем Илией Феодоровичем. Во втором супружестве Государь состоял с Царицей Марфой Матвеевной (урожденной Апраксиной), не успевшей произвести на свет потомства. Скончался в Москве. Погребен в Архангельском соборе Московского Кремля. Болезненное состояние его младшего брата Царевича Иоанна повлекло династический кризис, завершившийся уникальным в истории России одновременным воцарением двух сыновей Царя Алексея I – Иоанна V и Петра I.